SNP Test

Der Hybridtest basiert auf 117 SNPs, welche gleichmässig verteilt auf allen Chromosomen der Honigbiene lokalisiert sind. Diese SNPs wurden ausgewählt, da sie möglichst maximale Unterschiede zwischen der Mellifera- und der Carnica-Gruppe aufweisen. Deshalb ist es möglich die Hybridisierung zwischen der M- und C-Gruppe sehr genau zu erfassen. Der Test wurde in einer wissenschaftlichen Studie mit zahlreichen Proben aus ganz Europa, inklusive 87 Proben aus der Schweiz, validiert. ​

Proben

 

Getestet werden können sowohl einzelne Drohnen, einzelne Bienen sowie eine Drohnenmischprobe (30 Drohnenfühler oder Larven) oder eine Bienenmischprobe (30 Arbeiterinnenfühler oder Larven). Eine einzelne Drohne deckt die Hälfte der Genetik der Königin ab, eine einzelne Biene hingegen testet zusätzlich eine Vaterlinie. Mit der Drohnenmischprobe kann getestet werden ob die ganze Königin rein ist. Mit einer Bienenmischprobe können sowohl die Königin als auch mögliche Vaterlinien getestet werden. Dabei können ungewollte Allele bis zu einem Anteil von 10% erkannt werden. Ist allerdings beispielsweise nur eine von 20 Paarungen der Königin nicht rassenrein, kann diese nicht erkannt werden. 

 

Für die Probenentnahme werden Probenröhrchen mit Ethanol auf Bestellung zur Verfügung gestellt.​

DNA Extraktion und Genotypisierung

 

DNA wird mittels QIAGEN’s EZ1 DNA Tissue Kit (QIAGEN Redwood City) extrahiert. Die Genotypisierung der SNPs erfolgt auf der MassARRAY® MALDI-TOF Platform (Agena Biosciences).

 

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Analyse und Resultat
 

Die Abstammung wird mit der Software ADMXITURE  und einem Referenzset von A. m. ligustica, A. m. carnica und A. m. mellifera aus ganz Europa berechnet. Das Resultat setzt sich zusammen aus einem Prozentwert, welcher die anteilige Abstammung der M- respektive C-Gruppe aufzeigt und einem Standardfehler, welcher die Genauigkeit des Resultates angibt.

Dabei ist zu beachten, dass eine Mischung zwischen verschiedenen Honigbienenunterarten auch natürlicherweise stattfindet. Deshalb sollte die Auslese nicht zu strikt erfolgen.

Preis

 

Auf Anfrage. Es gilt zu beachten, dass bei der Genotypisierung immer 23 Proben zusammen bestellt und verarbeitet werden müssen.

 

Referenzen

 

Parejo, M., Wragg, D., Gauthier, L., Vignal, A., Neumann, P. & Neuditschko, M. (2016). Using Whole-Genome Sequence Information to Foster Conservation Efforts for the European Dark Honey Bee, Apis mellifera mellifera. Frontiers in Ecology and Evolution, 4, 140. Link

 

Henriques, D., Browne, K., Kryger, P., Muñoz, I., Parejo, M., Barnett, M., McCormack, G., Garnery, L. & Pinto, M.A. (2018). High sample throughput genotyping for estimating C-lineage introgression in the dark honeybee: an accurate and cost-effective SNP-based tool. Scientific Reports, 8 (8552). Link

 

Muñoz, I., Henriques, D., Johnston, J.S., Chávez-Galarza, J., Kryger, P. & Pinto, M.A. (2015). Reduced SNP panels for genetic identification and introgression analysis in the dark honey bee (Apis mellifera mellifera). PLoS ONE, 10. Link 

 

Parejo, M., Henriques, D., Pinto, M.A., Soland-Reckeweg, G., & Neuditschko, M. (2018). Empirical comparison of microsatellite and SNP markers to estimate introgression in Apis mellifera mellifera. Journal of Apicultural Research, 57:4, 504-506, Link 

Muñoz, I., Henriques, D., Jara, L., Johnston, J.S., Chávez-Galarza, J., De La Rúa, P. & Pinto, M.A. (2016). SNPs selected by information content outperform randomly selected microsatellite loci for delineating genetic identification and introgression in the endangered dark European honeybee (Apis mellifera mellifera). Molecular Ecology ResourcesLink

 

Software Admixture : Alexander, D. H., Novembre, J., & Lange, K. (2009). Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals. Genome Research, 19(9), 1655-1664. doi: 10.1101/gr.094052.109. Link

 

 

 

 

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