SNP Test

Le test hybride est basé sur 117 SNPs qui sont répartis uniformément sur les chromosomes de l'abeille. Ces SNPs ont été choisis car ils montrent des différences maximales entre les lignées évolutives  M et C. Ils permettent ainsi de déterminer très précisément le degré d’hybridation entre les sous-espèces d’abeilles mellifera et carnica. Ce test a été validé par une étude scientifique portant sur 573 échantillons provenant de toute l'Europe, dont 87 de Suisse. 

Echantillons

 

Il est possible de tester des faux bourdons individuels, des abeilles individuelles ainsi qu'un échantillon mixte de faux bourdons (30 antennes ou larves) ou un échantillon mixte d'abeilles (ouvrières : 30 antennes ou larves). Un seul faux-bourdon représente la moitié du patrimoine génétique de la reine, tandis qu'une seule abeille permet de tester une lignée paternelle. Avec l’échantillon de faux bourdons on peut tester si la reine est de race pure. Avec un échantillon d'ouvrières, la reine et les possibles lignées paternelles peuvent être testées. Dans ce cas, les allèles indésirables peuvent être détectés quand ils ont une proportion de plus de 10 %.  Par exemple, si un seul des 20 accouplements de la reine n'est pas de la même race, cela ne peut pas être constaté.

 
Pour l’échantillonnage, des tubes à échantillons contenant de l’éthanol sont disponibles sur demande.

Extraction d'ADN et génotypage

 

L'ADN est extrait avec le kit de ADN EZ1 de QIAGEN (QIAGEN Redwood City). Le génotypage des SNPs est réalisée sur la plateforme MassARRAY® MALDI-TOF (Agena Biosciences).

 

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Analyse et résultat

L’ascendance et le dégré d’hybridation est calculé avec le logiciel ADMIXTURE  et un ensemble de référence de A. m. ligustica , A. m. carnica et  A. m. mellifera provenant de toute l'Europe. Le résultat est composé d'un pourcentage qui indique la proportion génétique du groupe M ou C et d'une erreur standard qui traduit la précision du résultat. Il convient de noter qu'une hybridation entre les différentes sous-espèces d'abeilles mellifères se produit également naturellement au niveau de leurs interfaces. Par conséquent, la sélection ne devrait pas être trop stricte.

 

Prix

 

Sur demande. Pour le génotypage, des lots de 23 échantillons devraient toujours être envoyés et analysés ensemble.  Pour d’autres nombres veuillez nous contacter.

 

 

References

 

Parejo, M., Wragg, D., Gauthier, L., Vignal, A., Neumann, P. & Neuditschko, M. (2016). Using Whole-Genome Sequence Information to Foster Conservation Efforts for the European Dark Honey Bee, Apis mellifera mellifera. Frontiers in Ecology and Evolution, 4, 140. Link

 

Henriques, D., Browne, K., Kryger, P., Muñoz, I., Parejo, M., Barnett, M., McCormack, G., Garnery, L. & Pinto, M.A. (2018). High sample throughput genotyping for estimating C-lineage introgression in the dark honeybee: an accurate and cost-effective SNP-based tool. Scientific Reports, 8 (8552). Link

 

Muñoz, I., Henriques, D., Johnston, J.S., Chávez-Galarza, J., Kryger, P. & Pinto, M.A. (2015). Reduced SNP panels for genetic identification and introgression analysis in the dark honey bee (Apis mellifera mellifera). PLoS ONE, 10. Link 

 

Parejo, M., Henriques, D., Pinto, M.A., Soland-Reckeweg, G., & Neuditschko, M. (2018). Empirical comparison of microsatellite and SNP markers to estimate introgression in Apis mellifera mellifera. Journal of Apicultural Research, 57:4, 504-506, Link 

Muñoz, I., Henriques, D., Jara, L., Johnston, J.S., Chávez-Galarza, J., De La Rúa, P. & Pinto, M.A. (2016). SNPs selected by information content outperform randomly selected microsatellite loci for delineating genetic identification and introgression in the endangered dark European honeybee (Apis mellifera mellifera). Molecular Ecology ResourcesLink

 

Software Admixture : Alexander, D. H., Novembre, J., & Lange, K. (2009). Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals. Genome Research, 19(9), 1655-1664. doi: 10.1101/gr.094052.109. Link

 

 

 

 

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